新西伯利亚州有5个机场，其中包括2个联邦级机场——新西伯利亚航空公司机场（北方航线和本地客货运）和托尔马乔沃国际机场（Novosibirsk Tolmachevo International Airport）。托尔马乔沃国际机场不仅是西伯利亚地区的空中大门，而且还是技术，商业运输的周转站。托尔马乔沃机场开通了飞往俄罗斯国内及海外的80多个城市的航线。国际航空运输协会代码：OVB，国际民用航空组织代码：UNNT。
    西伯利亚航空无限股份公司是这里最重要的航空公司，同时也是全国客运量第二大的航空公司。西伯利亚航空公司拥有65架飞机，其中波音737有11架，空中客车310有8架，空中客车319有10架，伊尔86有9架。西伯利亚有两条国家级公路，连接东部和西部，实现向亚洲太平洋地区，东南亚，欧洲各地的运输任务。