2005年8月12日，历时18个月建设的上海长途汽车客运总站正式启用。位于铁路南站东侧的长途客运南站2005年12月10日投入营运。上海长途汽车客运总站紧靠铁路上海站北出口，有1000平方米的站前广场、1200平方米的售票大厅、3600平方米的候车大厅、34000平方米的停车场和1200平方米的货运仓储库。总站设置24个售票窗口、24个检票口和48个发车位。
    上海长途汽车客运总站正式启用后，芷新北广场客运站同时关闭；2005年10月20日，芷新不夜城客运站也完成搬迁。至此，该站日发车将接近1000个班次，日发旅客近3万人次，年发送量达800万人次以上，占上海省际汽车旅客发送量的三分之一。长途客运南站按国家一级客运站标准设计建造，拥有智能化管理系统，可实现查询、售票、检票、车辆安检和清洗等全方面智能化管理。该站建筑面积2万平方米，售票大厅1千多平方米，14个售票窗口可同时售票，候车大厅2千多平方米，能容纳2千多名旅客，停车场地1.2万平方米，80个大客车泊位，24个发车位可同时检票发车。长途客运南站首批始发和过境班线250班，预计客运量将达5500人次，2006年年底将进一步达到800班次的规模。